Publicó su algoritmo, muy eficaz, que ha perdurado hasta nuestros días, y conocido popularmente como "el algoritmo de Djikstra". La idea de este algoritmo consiste en ir explorando todos los caminos más cortos que parten del vértice origen y que llevan a todos los demás vértices; cuando se obtiene el camino más corto desde el vértice origen, al resto de vértices que componen el grafo, el algoritmo se detiene.
Dijkstra también colaboró con el equipo de desarrollo del lenguaje de programación ALGOL-60. Hizo varias contribuciones importantes: la introducción explícita de la recursividad y la noción de ‘pila’. Dijkstra, junto con uno de sus colegas en el Centro de Matemáticas, escribió el primer compilador de ALGOL-60, que se completó en agosto de 1960.
En 1962 Dijkstra fue nombrado profesor de Matemáticas en la Universidad de Tecnología de Eindhoven. En este momento esta universidad no tenia Departamento de Informática, asi que él construyó un equipo de científicos de la computación en el departamento de Matemáticas, y desarrolló el sistema operativo "THE" (Technische Hogeschool te Eindhoven). Muchas de las funciones de este sistema operativo se han convertido en características estándar en todos los sistemas operativos futuros
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